Make Dataset 卡片手册
这份手册不只解释“每个参数是什么意思”,更强调三件事:
我应该先选哪张卡
这张卡在什么场景下值得加
输出后我该怎么看结果是否合理
维护规范见 卡片文档编写规范。
快速上手路径
如果你是第一次使用 Make Dataset,推荐先按下面顺序理解:
先看“按目标选卡”,确定主卡片。
再看对应卡片页里的“操作示例”,确认参数量级。
最后参考 配方示例(Recipes) 组织多卡流程。
Tip
涉及 FPS Filter 的高通量流程,通常先导出 xyz,再在后续模块用 nep89 做预测清洗和最远点采样。FPS Filter 本身适合做末端代表性筛选,不适合替代结构生成卡片。
按目标选卡
我的需求 |
推荐卡片 |
常见前置卡片 |
不要误用 |
|---|---|---|---|
扩大晶胞尺寸,为缺陷或表面操作留空间 |
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把 |
从晶体原型直接生成一批标准结构 |
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无 |
用 |
给近平衡结构加轻微坐标噪声 |
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用大幅 |
给晶胞参数做体积或轴向缩放 |
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用 |
做剪切应变或角度应变 |
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已知目标应变方向 |
用 |
生成表面切片 |
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用 |
做单点随机合金 |
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用 |
扫描多种目标配比 |
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无 |
用 |
把目标配比真正落到原子占位上 |
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只做 |
按条件替换某类位点 |
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|
用 |
做随机空位族 |
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用 |
按元素或 group 精细删位 |
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用 |
做插隙或吸附缺陷 |
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用 |
做层错样本 |
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用 |
给结构打分组标签,供后续分组操作使用 |
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|
直接在磁卡里假设已有 group |
初始化 FM / AFM / PM 磁序 |
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用 |
只想把磁矩写到结构里,不想生成多磁态分支 |
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无 |
用 |
基于已有磁矩做旋转、多步 canting 或螺旋 |
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直接拿空白结构做旋转 |
从振动模式生成位移样本 |
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已包含模态数组的结构 |
用 |
从有机分子构象空间采样 |
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已识别分子结构 |
用无机卡片强行扰动有机体系 |
做容器化分支流程 |
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任意共享输入 |
把 |
从大样本中选代表性结构 |
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生成卡片在前 |
把 |
易混卡片对比
Random Slab vs Vacancy Defect Generation
Random Slab改的是边界条件和表面取向,结果会引入真空层与自由表面。Vacancy Defect Generation改的是体相或表面内部的删位强度,不会自动生成表面。想研究“表面缺陷”,通常先
Random Slab,再Insert Defect或Vacancy Defect Generation。
Random Doping vs Composition Sweep vs Random Occupancy
Composition Sweep负责定义“目标配比空间”,输出仍是带目标配比标签的结构副本。Random Occupancy负责把目标配比真正落到离散原子位点上。Random Doping更适合“给定规则后直接做一次随机替换”,而不是系统地扫完整配比空间。
Atomic Perturb vs Vib Mode Perturb
Atomic Perturb是无模型的随机位移,适合快速补近平衡噪声。Vib Mode Perturb基于已有振动模态,适合更接近特定频率空间的位移采样。输入里没有模态数组时,不能直接用
Vib Mode Perturb。
Set Magnetic Moments vs Magnetic Order vs Magmom Rotation
Set Magnetic Moments只负责把磁矩写进去,适合静态初始化。Magnetic Order会生成 FM / AFM / PM 等多磁态分支。Magmom Rotation基于已有磁矩做角度扰动,适合补充非共线或局部旋转样本。
按分组浏览
Lattice:Super Cell、Crystal Prototype Builder、Lattice Strain、Lattice Perturb、Shear Matrix Strain、Shear Angle StrainPerturbation:Atomic Perturb、Vib Mode PerturbAlloy:Composition Sweep、Random Occupancy、Random Doping、Conditional ReplaceDefect / Surface:Random Slab、Random Vacancy、Vacancy Defect Generation、Insert Defect、Stacking Fault、Layer CopyMagnetism:Set Magnetic Moments、Magnetic Order、Magmom Rotation、Small-Angle Spin Tilt、Spin Spiral、Folded HelixFilter / Container:FPS Filter、Card GroupOrganic:Organic Mol Config